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농업ㆍ농촌 환경자원의 유지 보전, 농작물 보호 및 유용 생물자원 산업화 기술 개발 등이 주 임무다. 또 안전 농산물 생산기술 개발, 농업생산 자동화ㆍ로봇화 및 수확 후 관리기계기술 개발, 농업생명공학 기반기술 확보 및 실용화, 농식품 및 한식의 세계적 상품화 기술 개발, 국가농업유전자원의 관리 및 이용 등도 한다. 국가농업발전을 위한 농업기초 연구개발을 선도하는 최고 농업연구기관인 것.

지난 1962년 2월 식물환경소란 이름으로 만들어졌다. 이어 1973년 7월 농업기술연구소로 바뀌었으며, 1998년 8월 잠사곤충연구소를 통합했다. 지난해 6월에는 직제개편으로 작물보호과와 농업미생물팀을 신설했. 현재는 6부 1센터, 23과 1팀 체제로 운영된다. 농업환경부와 농업생물부, 농산물안정성부, 농업과학부, 농업생명자원부, 농식품자원부, 농업유전자원센터 등이 중심부서다.

앞으로 전북혁신도시가 들어서면 당장 500여 명의 직원이 이주해온다. 현재 경기도 수원시 권선구 서둔동 일원에 들어서 있는 국립농업과학원에는 연구직 391명과 농업직 12명 등이 근무하고 있다. 이들은 특히, 박사 후 연구원과 행정보조, 연구보조, 작물 재배관리 등에 연간 900명을 채용할 계획이다. 이들에게는 월 110만원에서 300만원의 임금이 지급될 계획이다.