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전주지법의 전교조 시국선언과 관련한 재판의 쟁점은 전교조가 정파간 이해대립이 첨예한 사안에 대해 편파적인 의견을 표명함으로써 공익에 위배했는지 여부다.

검찰은 "국공립 교원으로서 교육정책 외에 미디어법 개정 등 정부·여당의 언론정책, 촛불집회 PD수첩수사 노무현 전대통령 서거 등 정파간 이해가 첨예한 사안에 대해 편파적인 의견을 표명한 것으로 공익에 반했다"며 공소를 제기했다.

관련 법으로는　교원노조법 제3조 위반(교원노조의 정치활동금지), 국가공무원법 제56조(직무상 성실의무), 국가공무원법 제57조(복종의무), 국가공무원법 제66조(집단행위 금지), 교육기본법 제6조 제1항(교육의 정치적 중립성 조항), 제14조 제4항(정당, 정파 지지, 반대 목적 학생선동 등 금지) 등에 해당한다고 적시했다.

이에 변호인과 전교조측은 "국민의 한 사람으로서 정부에 대하여 일부 특권 집단이 아닌 국민 전체의 목소리에 귀를 기울여 달라는 호소로서 헌법상 표현의 자유에 해당하는 행위다"고 주장했다.

김 판사는 선고 공판에서 "이들의 행위는 공익의 목적에 반하는 게 아닌 국민의 한 사람으로서 국가에 바라는 사항을 밝힌 것에 불과하고, 이는 헌법이 규정하는 표현의 자유에 해당한다"고 밝혔다.

김 판사는 이어 "교사 시국선언은 주권자인 국민이 정치적 중립을 지키면서 권력 담당자에게 권력행사에 대한 자신들의 희망사항을 밝힌 넘어 다른 뜻을 담고 있다고 할수 없으므로 공익에 반하는 목적을 위한 것이라고 단정하기 어렵다"고 판시했다.

이번 판결에 대해 전교조는 "사법부 판단은 정당하고 상식적인 것"이라며 "교육과학기술부의 상식을 벗어난 검찰 고발과 무분별한 징계에 경종을 울린 판결"이라고 의미를 부여했다.

반면 교과부 관계자는 "항소 여부는 검찰이 판단할 일이고, 징계 등 행정벌은 형사처벌과 별개의 문제"라며 "교육공무원법 등에 따른 정당한 조치로, 징계를 받은 교사들이 교원소청심사위원회에 심사를 청구한 만큼 결과를 지켜볼 것"이라는 입장을 보였다.

하지만 최근 서울행정법원이 학업성취도평가(일제고사)를 거부했다는 이유로 교사들에게 내려진 교육청의 해임 처분이 지나치게 무거워 형평에 반하고 징계권 남용에 해당한다고 판결한 바 있어 검찰이 너무 무리하게 기소하고 교육당국이 가혹하게 징계한 게 아니냐는 지적도 나오고 있다.