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자율형사립고에 대한 논란이 고조되면서 자율형 공립고에 대한 관심이 자연스레 커지고 있다. 교과부가 자율형사립고가 있는 지역에 대해서만 자율형공립고를 지정한다는 원칙을 정하면서 자율형사립고와 자율형공립고가 비슷한 형태로 인식되는 경향이 짙기 때문이다. 그러나 자율형공립고는 자율형사립고와는 비슷한 점도 있지만 여러가지 면에서 다른 형태다. 또 정읍고와 군산고의 자율형공립고가 아직 시행초기 단계로 성과를 거론하기는 다소 이르지만, 자율형공립고 지정이후 긍정적인 효과도 상당부분 거두고 있는 것으로 알려졌다.

자율형 공립고는 공립고 학교운영에 자율성을 부여해 교육과정과 프로그램을 특성화·다양화하는 학교로 지정 대상은 교육여건, 주변 환경이 상대적으로 열악한 학교다. 또 지정된 학교는 교육과학기술부와 해당 교육청에서 각각 1억원씩 해마다 2억원을 지원받는다.

자율형 사립고가 수월성 교육에 무게를 두고 사학재단이 학교 운영비를 충당하는 구조인 반면, 자율형 공립고는 다른 학교에 비해 상대적으로 열악한 학교를 일정 수준 이상으로 끌어올리는데 초점이 맞춰져 있고, 이에 필요한 재정을 일정부분 지원한다는 차이를 보인다.

정읍고는 자율형 공립고의 이같은 특징을 잘 보여주고 있다. 지역 내 다른 사립고에 밀려 한 때 입학 기피대상으로까지 치부됐던 정읍고는 자율형 공립고로 전환한 뒤 지역 내 신뢰도와 전반적인 학력이 상승하고 있다는 평이다. 정읍고는 2007년 개방형자율학교로 선정돼 성과를 거두다 지난해 정부 정책에 따라 자율형 공립고로 자동 전환됐으며 오는 2014년 2월까지 5년간 시범운영하게 된다.

자율형 공립고는 대부분 학생선발권이 없다는 점도 자율형 사립고와 차이점이다.

개방형자율학교에서 올해 자율형 공립고로 전환한 군산고의 정주섭 교장은 "자율형 공립고 지정 뒤 재정 지원에 힘입어 인성, 학력 등 다양한 교육프로그램을 운영하며 학교 선호도와 전반적인 학력을 한층 끌어올렸다"며 "지역 내 많은 학생들이 입학을 원하지만 학생선발권이 없어 우수한 학생 유치에는 어려움이 따른다"고 말했다.

교육과학기술부는 지난 6일 2010년 하반기 자율형 공립고 14개교를 추가로 선정했다. 하지만 도내에서는 신청한 학교는 한 곳도 없었다. 김승환 교육감이 자율형 사립고 뿐 아니라 자율형 공립고도 아직은 불가하다는 입장을 밝혀왔기 때문으로 보인다.