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농촌진흥청은 우리나라 벼 품종 유전적 차이를 빠르게 분석할 수 있는 고속대량분석 마커 1225개를 개발했다고 14일 밝혔다.

우리나라 고품질 밥쌀용 벼 품종인 온대 자포니카형 품종은 인디카 같은 다른 품종과 달리 유전적으로 서로 가까워 품종 간 차이를 구별하는 분자 마커 개발이 쉽지 않다.

이로 인해 우량 계통을 미리 선발해 육종기간을 단축시키는 마커도움선발법의 활용과 키다리병 저항성 같은 유용한 특성 유전자 발굴이 어려웠다.

연구진은 삼광벼와 일품벼 등 우리나라 벼 13개 품종의 유전체 염기서열을 분석해 74만여 개의 단일염기서열변이(SNP)를 발견했다. 이를 기반으로 많은 양을 빠르게 판별할 수 있는 KASP 마커 1225개를 개발했다.

KASP 마커는 DNA상 단일염기서열 변이와 중합효소 연쇄반응을 기반으로 한다.

이번 연구로 벼 품종의 유전적 차이를 빠르게 탐지할 수 있는 충분한 수의 분자 마커를 확보함으로써 마커가 부족해 마커도움선발법을 활용할 수 없었던 문제를 해결했다.

연구 결과는 Plants지 9권에 게재돼 학술적으로도 인정을 받았다.

해당 마커는 현재 우리나라 벼 육종이 필요한 키다리병 저항성과 수발아 저항성 등 유전자 발굴을 위해 국립농업과학원과 대학 등에서 활용하고 있다.

한정헌 농진청 유전자공학과장은 “현재까지 개발된 KASP 마커 세트를 벼 육종기관과 대학 등에서 마커기반 우수 계통선발, 유용 유전자 분리, 형질연관 마커 개발 등에 활용하고 있다”며 “이를 통해 우리나라 벼 분자 육종 기술 향상에 도움이 될 것으로 기대한다”고 전했다.